Posdoc en ecología microbiana

Le MIO «Mediterranean Institute of Oceanography » (ex-Centre d’Océanologie de Marseille) recherche un docteur en écologie microbienne pour un contrat postdoctoral de 18 mois. Début du contrat : mai 2012.

Mission : Dans le cadre du projet ANR DECAPAGE, il (elle) contribuera à caractériser l’influence des régimes d’oxygénation sur les capacités de dégradation des communautés microbiennes de sédiments marins remaniés. Pour cela, nous recherchons un candidat ayant de bonnes connaissances en écologie microbienne/biologie moléculaire et ayant une expérience dans la production et le traitement de données de pyroséquençage (SSU rRNA), de (meta)génome et/ou de (meta)transcriptome. Le candidat devra démontrer son aisance en communication écrite et verbale (écriture de rapports et de publications) ainsi que sa capacité à travailler efficacement dans un réseau de travail multidisciplinaire. Un candidat dont l’expérience et les publications dans la discipline lui permettant de postuler aux concours du CNRS durant le contrat de 18 mois sera favorisé.

Projet. Le projet s’inscrit dans le cadre du projet ANR DECAPAGE « In Depth characterization of HCdegradation CAPAcities of marine sediment microbial communities: adaptation, metabolic processes and influence of oxyGEnation regimes ».

L’activité de remaniement des polychètes marins peut influencer les communautés microbiennes hydrocarbonoclastes ainsi que leurs activités. En effet, les polychètes pourraient (i) favoriser l’installation de communautés procaryotiques spécifiques au niveau de leurs terriers, (ii) influencer les activités microbiennes en imposant des régimes d’oxygénation fluctuants et (iii) permettre un couplage métabolique efficace entre les différents groupes fonctionnels et les régimes d’oxygénation fluctuants. Le candidat testera ces hypothèses en suivant le comportement des communautés procaryotiques de différentes matrices sédimentaires lorsqu’elles sont soumises à différents régimes d’oxygénation en microcosmes. Les taux de biodégradation seront évalués par analyses GCFID/GCMS. Le candidat procèdera à la caractérisation (i) des communautés microbiennes actives (pyroséquençage des SSU rRNA) afin de mettre en évidence les communautés spécifiques des différents environnements testés en fonction des conditions d’oxygénation et (ii) les gènes
fonctionnels clés impliqués dans la dégradation des hydrocarbures (gènes cataboliques) et dans les activités des groupes fonctionnels clés (ex. SRB, dénitrifiant) en mettant en place des approches metatranscriptomiques. Localisation. Le poste sera ouvert début mai 2012 au MIO «Mediterranean Institute of Oceanography » (ex-Centre d’Océanologie de Marseille), Campus de Luminy, Marseille, France (http://www.com.univ-mrs.fr/). Le MIO est une unité mixte université (Aix-Marseille Université), CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique), INSU (Institut National des Sciences de l’Univers) et IRD (Institut pour la Recherche et le Développement). Le MIO fait partie de l’Institut Pythéas qui est un Observatoire des Sciences de l’Univers. Les activités du MIO incluent la mise en œuvre des programmes nationaux et internationaux de développement pluridisciplinaire. L’équipe de «Microbiologie Environnementale et Biotechnologie” (UMR 7294 – IRD 235) est l’une des 5
équipes du MIO. Elle est reconnue pour son expertise dans l’étude des processus microbiens associés au processus de dégradation de la matière organique et en particulier des hydrocarbures. L’équipe possède également un savoir-faire lié à l’étude de la macrofaune, des activités de remaniement des sédiments, de l’exportation et de la biodégradation des hydrocarbures pétroliers dans les sédiments contaminés.

Salaire. Salaire net estimé 2280 € /mois
Candidature. Les candidats sont encouragés à envoyer rapidement leur candidature par mail à Philippe CUNY (philippe.cuny@univmed.fr, tel. 04.91.82.91.47) et Cécile MILITON (cecile.militon@univmed.fr, tel 04.91.82.93.29) incluant une lettre de motivation, un curriculum vitae ainsi que le nom et les coordonnées de collègues référents (max. 3) avec qui ils ont réalisés leurs travaux doctoraux et postdoctoraux.
Clôture des candidatures : 31 janvier 2012